2 Αυγούστου του 2012 ο Νούνο Ασίς έβαλε για πρώτη φορά τη φανέλα της Ομόνοιας. Ήταν το ματς με τον Ερυθρό Αστέρα στο Βελιγράδι που έληξε ισόπαλο 0-0. Ο Πορτογάλος αγωνίστηκε για 69 λεπτά και αντικαταστάθηκε από τον Αγκουιάρ.
Τελευταίο ματς του μάγου ο τελικός του κυπέλλου με τον Απόλλωνα.
Ο Νούνο Ασσίς αγωνίστηκε συνολικά στην Ομόνοια 143 αγώνες σημειώνοντας 24 τέρματα. Έπαιξε σε 110 ματς πρωταθλήματος πετυχαίνοντας 21 γκολ, 18 κυπέλλου με δύο τέρματα και 15 συμμετοχές στις ευρωπαικές διοργανώσεις με ένα γκολ.
