Το καλοκαίρι του 2012 ο Σάσα Μάρκοβιτς τέθηκε αντίπαλος με την ΑΕΛ για τα προκριματικά του Τσάμπιονς Λιγκ, φορώντας τη φανέλα της Παρτιζάν.
Είχε 90λεπτη συμμετοχή και στις δύο αναμετρήσεις που βρήκαν νικήτρια την ΑΕΛ με 1-0.
Τώρα θα αντιμετωπίσει ξανά την ΑΕΛ ως παίκτης του Απόλλωνα.