Συνηθισμένα, αλλά όχι ανησυχητικά είναι τα φαινόμενα όπου αεροσκάφη που πετούν στο FIR Λευκωσίας χάνουν το σήμα του GPS ή δίνουν λανθασμένα δεδομένα.
Πρόσφατα, η Πολιτική Αεροπορία εξέδωσε notam δηλαδή οδηγία ώστε οι πιλότοι και άλλοι χειριστές των αεροσκαφών για να γνωρίζουν την κατάσταση. ΄Όπως μας λέχθηκε από το Τμήμα Πολιτικής Αεροπορίας μετά την έκδοση notam το πρόβλημα περιορίστηκε.
Πληροφορίες που έκαναν λόγο για παρεμβολές από τουρκικά αεροσκάφη που προσεγγίζουν μέσω του FIR Λευκωσίας το παράνομο αεροδρόμιο της Τύμπου αναφέρθηκε ότι στο FIR Λευκωσίας πετούν πολλά αεροσκάφη αεροσκάφη ταυτόχρονα. Ωστόσο, πηγές δεν απέκλεισαν το ενδεχόμενο ενός μίνι ηλεκτρονικού πολέμου
Από την άλλη όμως, προκύπτει κίνδυνος δυστυχημάτων από την παρενόχληση αεροσκαφών, με δεδομένο ότι αριθμός τουρκικών αεροσκαφών μπαίνει ανεξέλεγκτα στο FIR.
Η Κυπριακή Δημοκρατία αντιδρά σε αυτή την κατάσταση με περιοδικές αποστολές επιστολών προς τον ΟΗΕ οι οποίες ωστόσο δεν έχουν κανένα αποτέλεσμα.
