Οι διεργασίες για την έναρξη της επανάστασης καθώς και οι πρώτες δράσεις των ελλήνων επαναστατών έφεραν μεγάλη αναστάτωση στο Σουλτάνο στην Κων/Πόλη ο οποίος ζητούσε άμεσα το κεφάλι των πνευματικών ηγετών των «ραγιάδων» επί πίνακι.
Αντιλαμβανόμενος ότι γενικά στην Ευρώπη από τη μια επικρατούσε πολύ μεγάλη αναστάτωση αρκετών Ευρωπαϊκών λαών που ζητούσαν την απαλλαγή από τα βασίλεια και τις αυτοκρατορίες (είχε προηγηθεί η Γαλλική επανάσταση) και από την άλλη οι αυτοκρατορίες που δεν έβλεπαν πάντα με καλό μάτι τις λαϊκές εξεγέρσεις – όπως αρχικά κατηγορήθηκε η ελληνική επανάσταση από τους θιασώτες του αυστριακού Καγκελάριου Μέτερνιχ που ζητούσαν την παραμονή των πολιτικών πραγμάτων στην καθεστηκυία τάξη της ιεράς συμμαχίας (Γαλλία- Ρωσία- Αυστροουγγαρία- Πρωσία) που διοικούσαν τεράστιες ανομοιογενείς πληθυσμιακά εκτάσεις ελέω θεού - ο Σουλτάνος προσέτρεξε στον Πατριάρχη και απαίτησε να πάρει θέση ενάντια στους Έλληνες.
Ο Πατριάρχης Γρηγόριος ο Ε’ παρά την αρχική συμμετοχή του στην προετοιμασία της επανάστασης και τις πολύ καλές σχέσεις του με τη Φιλική Εταιρεία, φοβούμενος το ενδεχόμενο μιας γενοκτονίας των συμπατριωτών του από τον Σουλτάνο, αποφάσισε όπως απαιτήσει από όλους τους κληρικούς την αποχή τους από την επανάσταση. Η βία των Τούρκων δεν σταματούσε ούτε μπροστά στον κλήρο και αυτό ανησυχούσε τον Πατριάρχη.
Όπως αναφερεται στο γνωστό έργο αγνώστου συγγραφέα της εποχής του 1806 την "Εληνική Νομαρχία" η εκκλησία κράτησε φιλοοθωμανική στάση λόγω του ότι μέχρι τότε ούτε ο Σουλτάνος αλλά ούτε και οι Πασάδες δεν είχαν στραφεί εναντίον του κλήρου. Θεώρησε λοιπόν ο Πατριάρχης ότι θα ήταν καλό να διατηρούσε τουλάχιστον μια κάποια σχέση, στη δύσκολη εκείνη περίοδο. Γεγονός, που ώθησε και τον Πατριάρχη να στραφεί εντέλει κατά της επανάστασης.
Για το λόγο αυτό αφόρισε τόσο τα μέλη της Φιλικής Εταιρείας όσο και του κινήματος του Αλέξανδρου Υψηλάντη και Μιχαήλ Σούτσου. Με απόφαση, λοιπόν, 72 εκπροσώπων της Κωνσταντινούπολης μεταξύ των οποίαν και ιερείς καθώς και σημαντικά πολιτικά πρόσωπα αφόρισε την επανάσταση αλλά και τους επαναστάτες του 1821 για ηθικούς λόγους αφού τονίζεται ότι οι Έλληνες «κατεπάτησαν με απαραδειγμάτιστον θρασύτητα και αλαζονεία, ότε προσδιορισθείς της Μολδαβίας ηγεμών ως μη όφειλε Μιχαήλ Σούτσος και ο του γνωστού αγνώμονος και φυγάδας Υψηλάντου αγνώμων υιός Αλεξάντρος Υψηλάντης».
Ο αφορισμός με αιχμές κατά των Ρώσων
«Πρόβλημα διόλου ψευδές και ανύπαρκτον, και μόνον της ιδικής των κακοβουλίας και ματαιοφροσύνης γέννημά τε και αποκύημα. Επειδή, εν ω το τοιούτον είναι αδύνατον ηθικώς και πολλής προξένον μομφής εις την ρωσσικήν Αυτοκρατορίαν, και ο ίδιος ενταύθα εξοχώτατος Πρέσβυς αυτής έδωκεν έγγραφον πληροφορίαν, ότι ουδεμίαν ή είδησιν ή μετοχήν έχει το ρωσσικόν κράτος εις αυτήν την υπόθεσιν», αναφερόταν χαρακτηριστικά στον αφορισμό. Το κείμενο επιχειρούσε να δείξει ως «έργον μιαρόν» την επανάσταση που απειλούσε τα προνόμια που απολάμβαναν το υποτελές Έθνος. «Με τοιαύτας ραδιουργίας εσχημάτισαν την ολεθρίαν σκηνήν οι δύο ούτοι και οι τούτων συμπράκτορες φιλελεύθεροι, μάλλον δε μισελεύθεροι, και επεχείρησαν εις έργον μιαρόν, θεοστυγές και ασύνετον, θέλοντες να διαταράξωσι την άνεσιν και ησυχίαν των ομογενών μας πιστών ραγιάδων της κραταιάς βασιλείας, την οποίαν απολαμβάνουσιν υπό την αμφιλαφή αυτής σκιάν με τόσα ελευθερίας προνόμια, όσα δεν απολαμβάνει άλλο έθνος υποτελές και υποκείμενον, ζώντες ανενόχλητοι με τας γυναίκας και τα τέκνα των, με τας περιουσίας και καταστάσεις, και με την ύπαρξιν της τιμής των, και κατ’ εξοχήν με τα προνόμια της θρησκείας, ήτις διεφυλάχθη και διατηρείται ασκανδάλιστος μέχρι της σήμερον επί ψυχική ημών σωτηρία».
Ο αφορισμός δεν αφορούσε μόνο τους επαναστάτες και όσους οργάνωναν την επανάσταση αλλά και όσους υποστήριζαν την επαναστατική δράση κατά των Οθωμανών.
«Αφωρισμένοι υπάρχειεν και κατηραμένοι και ασυγχώρητοι, και μετά θάνατον άλυτοι, και τω αιωνίω υπόδικοι αναθέματι, και αυτοί, και όσοι τοις ίχνεσιν αυτών κατηκολούθησαν του λοιπού, αν μη θελήσωσιν εννοήσαι την αρπαγήν και απάτην, και επιστραφήναί τε και βαδίσαι την ευθείαν της σωτηρίας οδόν, αν δεν αναλάβωσιν, ό εστι, τον εντελή χαρακτήρα του ρεαγιαδικού αυτών επαγγέλματος».
Ο Πατριάρχης Γρηγόριος Ε’ δεν γλίτωσε τελικά τη ζωή του αφού ο Σουλτάνος αντιλαμβανόμενος ότι το κίνημα της επανάστασης μεγάλωνε και ενισχυόταν από το εξωτερικό, συνέλαβε στις 10 Απριλίου 1821 τον Γρηγόριο τον οποίο και φυλάκισε λίγο πριν τελικά τον απαγχονίσει στην κεντρική πύλη του Πατριαρχείου, όπου παρέμεινε κρεμασμένος για τρεις ημέρες.
