Από τον καιρό που ιδρύθηκε η εταιρεία Απόλλων, το 1998, η ομάδα της Λεμεσού ταλαιπωρήθηκε αφάνταστα στο διοικητικό κομμάτι μέχρι και το Μάιο του 2012.
Οι κόντρες και οι ίντριγκες έδιναν και έπαιρναν. Για 14 χρόνια ο Απόλλωνας δεν μπορούσε να αποκτήσει αγωνιστική σταθερότητα και συνέπεια, αφού κάθε λίγο και λιγάκι έψαχνε για νέο πρόεδρο και η μία συνέλευση διαδεχόταν την άλλη.
Με εξαίρεση το διάστημα που ανέλαβε την εταιρεία η Διοικούσα Επιτροπή κα οδήγησε τον Απόλλωνα στην κατάκτηση του τελευταίου του πρωταθλήματος (2006), στα υπόλοιπα χρόνια δεν μπόρεσε ένα διοικητικό συμβούλιο να εξαντλήσει τη διετή θητεία του.
Αναμφίβολα, αυτό είχε αρνητικό αντίκτυπο στην ομάδα με αποτέλεσμα να μην μπορεί να πρωταγωνιστεί διαχρονικά.
Από το Μάιο του 2012 όταν και ανέλαβε τα ηνία της ποδοσφαιρικής εταιρείας ο Νίκος Κίρζης, άλλαξαν άρδην τα πράγματα στο διοικητικό τοπίο και ο Απόλλωνας έχει αποκτήσει διοικητική σταθερότητα και η ομάδα έχει αλλάξει… πρόσωπο.
Ναι μεν είναι μεγάλη αποτυχία το γεγονός ότι ο Απόλλωνας δεν μπόρεσε να κατακτήσει ένα πρωτάθλημα τα τελευταία 3 χρόνια, αλλά αν η ομάδα εξασφαλίσει ευρωπαϊκό εισιτήριο και φέτος, θα ισοφαρίσει τη μεγαλύτερη επίδοση των «γαλάζιων» - τέσσερα συνεχόμενα χρόνια στην Ευρώπη. Από το καλοκαίρι του 1991 μέχρι και το καλοκαίρι του 1994 ο Απόλλωνας δήλωνε «παρών» στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις. Πέρασαν, δηλαδή, 22 ολόκληρα χρόνια από την πρώτη και τελευταία φορά που ο Απόλλωνας έπαιξε στην Ευρώπη για τέσσερις σερί σεζόν.
Ο Νίκος Κίρζης συμπληρώνει τέσσερα χρόνια στο πηδάλιο της εταιρείας και είναι δεδομένο ότι θα πάει για νέα θητεία, όντας μακράν ο μακροβιότερος πρόεδρος της ποδοσφαιρικής εταιρείας του Απόλλωνα.
Πρώτος πρόεδρος της εταιρείας υπήρξε ο πατέρας του, ο Ντίμης Κίρζης το 1998.
Αναλυτικά οι πρόεδροι εταιρείας Απόλλων
1998-Ντίμης Κίρζης
1999 (Μάρτιος)- 1999 (Σεπτέμβριος), Φρίξος Σαββίδης
1999 (Σεπτέμβριος)- 2000 (Απρίλιος), Πάμπος Γεωργιάδης
2000-2001 Γιώργος Παπάς (Κύπελλο)
2001-2002 Λάμπρος Χριστοφή
2002-2003 Σοφοκλής Σοφοκλέους
2003-2004 (Ιανουάριος) Γιώργος Παπάς
2004 (Ιανουάριος)- 2005 (Ιανουάριος) Φίλιος Δρουσιώτης
2005 (Φεβρουάριος)-2007 (Φεβρουάριος) Διοικούσα Επιτροπή (Πρωτάθλημα το 2006)
2007 (Φεβρουάριος)- 2009 (Φεβρουάριος) Φρίξος Σαββίδης
2009 (Φεβρουάριος) -2009 (Μάιος) Δώρος Αντωνίου
2009-2010 Φρίξος Σαββίδης (Κύπελλο)
2010-2011 Γιώργος Παυλίδης
2011-2012 Παύλος Αριστοδήμου
2012- Νίκος Κίρζης (Κύπελλο το 2013, Ομίλους Γιουρόπα Λιγκ 2013 και το 2014)
